De Sombere Honingzwam kan verward worden met de Echte Honingzwam en de gelere Knolhoningzwam.
De Sombere Honingzwam (Armillaria ostoyae) is een algemene Honingzwam welke meestal in bundels groeit, op zowel dood als levend loof- en naaldhout. Deze soort komt vooral voor op zandgrond. De hoed van de Sombere Honingzwam is vleeskleurig tot lichtbruin gekleurd en bevat donkere, vezelige schubjes. De vlokkige steel is meestal lichter gekleurd dan de hoed, bevat vaak donkere vlokjes en heeft een witte ring. De onderkant van deze ring bevat donkere vlokjes.
Achter schors van dode bomen zijn vaak de zwarte rhizomorfen van Honingzwammen te zien. De Sombere Honingzwam kan verward worden met de Echte Honingzwam (Armillaria mellea) en de Knolhoningzwam (Armillaria lutea). Het belangrijkste verschil met de Echte Honingzwam zit aan de onderkant van de ring: bij de Sombere Honingzwam is deze namelijk bezet met donkere vlokjes, terwijl deze ring bij de Echte Honingzwam aan de onderkant een gele randzone bevat. Tevens is de Echte Honingzwam doorgaans geler van kleur, is de hoed minder geschubd, zijn de lamellen witter van kleur en bevat de steel geen donkere schubjes.
Het belangrijkste verschil met de Knolhoningzwam is dat de Knolhoningzwam een steel heeft die bezet is met gele vlokjes, en vaak ook geheel geel gekleurd is, bij de Sombere Honingzwam is ten hoogste de steelvoet wat geel verkleurd. De hoed van de Knolhoningzwam heeft vaak gele tinten en de steelvoet is bij deze soort vaak verdikt (dit is niet altijd het geval, en dit kan ook bij andere Honingzwammen voorkomen). Tevens kan de soort nog verward worden met diverse Bundelzwammen (Pholiota). Let hierbij op de grootte, de kleur en structuur van de hoed, steel en lamellen.