De jonge Klokjesgentiaan plantjes groeien op een van de afgeplagde stroken van de Neterselse Heide
Klokjesgentiaan komt voor op natte, zure grond in heidegebieden, lage graslanden en in blauwgraslanden, ook in bermen in heideontginning gebieden. De klokjesgentiaan heeft in de grond een vrij dikke afgeknotte wortelstok tot 20 centimeter. Uit de oksels van de schubvormige bladeren komen een of meer slanke, min of meer vierkante stengels. De stengels vertakken zich meestal niet en hebben lancetvormige bladeren. De klokjesgentiaan heeft een vrij dikke afgeknotte wortelstok tot 20 centimeter in de grond. Uit de oksels van de schubvormige bladeren komen een of meer slanke, min of meer vierkante stengels. De stengels vertakken zich meestal niet en hebben lancetvormige bladeren. De rechtopstaande donker hemelsblauwe bloemkroon heeft binnen in de kroon een groene ‘voet’ en vijf lichtgroene tot zachtgele, strepen en groene kleine cirkels. De strepen zijn ook zichtbaar aan de buitenkant. Het wil wel eens voorkomen dat in plaats van donker hemelsblauw, de bloemen wit zijn.
De tweeslachtige klokjesbloem heeft aan de voet van het vruchtbeginsel, in de bloemkroon, vijf punten die honing afscheiden. In de nacht en bij regen sluit de bloem zich zodat de honing beschut is tegen regen. De helmknoppen kleven samen en de stempels zijn omgerold. Eerst openen zich de helmknoppen en laten het stuifmeel in de bloemkelk vallen. De bloem is protrandisch: de stempel is pas geschikt is voor bevruchting wanneer de helmknoppen het stuifmeel hebben laten vallen. Hommels en insecten zorgen dan voor kruisbestuiving.
Ook maken de bloemen van de klokjesgentiaan zelfbestuiving mogelijk. 's Morgens bij het opengaan en 'savonds bij het sluiten, draaien ze zich elke keer een beetje. De sluitende vouwen van de kelk komen zo in aanraking met de helmknoppen en het stuifmeel komt aan de binnenkant van de bloembladen. De stijl en de bloemkroon worden langer de volgende dagen en het stuifmeel aan de binnenkant komt ter hoogte van de stempel. Bij het sluiten van de bloembladen bereiken ze de stempel en bewerkstelligen de zelfbevruchting. De lang gesteelde doosvrucht zorgt voor vermeerdering van de plant. De kleine, lichte zaden zijn ongevleugeld.
De klokjesgentiaan verlangt een zonnige, vochtige tot natte, zwak zure tot zure en voedselarme grond. We kunnen de plant in Nederland en België tegenkomen op blauwgraslanden, heidegebieden en veenstreken. Het Gentiaanblauwtje (Phengaris alcon) is de zeldzame vlinder die de eitjes afzet op de Klokjesgentiaan plantjes. De rupsen eten de bloemen op en laten zich daarna op de grond vallen om te wachten op een lift van een steekmier, zodat de rups zich kan verpoppen in het nest van deze mieren.
De rups scheidt een stof af die precies overeenkomt met dat van larven van de mier. De mieren beschermen en voeden de rups met mierenlarven en miereneitjes, maar ook met prooien van de mieren. De rups parasiteert op de mieren, deze specifieke vorm van parasitisme wordt broedparasitisme genoemd. In begin van de volgende zomer is de rups volledig ontwikkeld en vindt de verpopping plaats. Na een popstadium van drie weken komen begin juli de eerste vlinders uit de pop en verlaten zo snel mogelijk het mierennest. De mannetjes en vrouwtjes zoeken elkaar op waarna de cyclus zich herhaalt. De vlinder vliegt in één generatie per jaar van begin juni tot eind augustus, met een piek tussen 20 juli en 20 augustus.