Aalscholverkolonie in de bomen midden op het water van de Flaes
De broedperiode van de aalscholver begint half februari tot begin maart, afhankelijk van de winter. De aalscholver broedt de eieren door ze op de poten te leggen en gaat er daarna op zitten. Dat gaat nog wel eens mis. Vroeger waren de eierschalen veel dikker, maar pesticiden in het water hebben invloed op de dikte van de schaal. De bedreiging voor de broedende aalscholver komt onder andere van jonge havik vrouwtjes en de boommarter.
De nesten zitten is bomen die omringt zijn door water, waardoor er minder gevaar lopen tegen rovers.
De aalscholver (Phalacrocorax carbo) is een tamelijk grote en opvallende vogel. De in West-Europa voorkomende aalscholver behoort tot de familie van de aalscholvers (Phalacrocoracidae), waarvan (afhankelijk van de geraadpleegde bron) 26 tot 42 soorten bekend zijn. Het zijn allemaal vrij grote watervogels, die voornamelijk van vis leven. Ze vormen met de genten, fregatvogels en slangenhalsvogels een eigen clade.
De aalscholver is 80 tot 100 cm lang en heeft een spanwijdte van 121 tot 149 cm. De vogel is vrijwel geheel zwart, maar met een opvallende witte wang en een gele plek op de plaats van de aanhechting van de bek. De snavel is lang en voorzien van een haakvormige punt. In de broedtijd verschijnt er een witte "dijvlek". De dij is anatomisch geen dij, maar het bevederde scheenbeen (tibia) van de vogel, waarop bij volwassen aalscholvers tussen februari en juni een witte vlek verschijnt. De aalscholver heeft zwemvliezen tussen de voortenen en kan dus zwemmen en hij vangt vis door te duiken.
In 1955 golden quota van maximaal 500 broedparen of minder in de kolonies die in beschermde natuurgebieden lagen. De aalscholver was toen relatief zeldzaam. Begin jaren 1960 kreeg deze viseter het moeilijk doordat het IJsselmeer werd ingepolderd en visgronden verder van de toen bestaande kolonies kwamen te liggen. Bij de visserij was de aalscholver niet geliefd omdat de vogels naar de mening van de vissers de vis voor hun neus weg kaapten. Later heeft men wel ingezien dat hun aandeel in de visvangst geen noemenswaardige bedreiging voor de visvangst bleek te zijn.
In de loop van de jaren 1970 ging de stand weer vooruit, dankzij vestigingen van kolonies in de nieuwe IJsselmeerpolders. Tot het einde van de jaren 1990 steeg het aantal broedparen voortdurend tot circa 20.000 broedparen. Volgens SOVON daalde plotseling het aantal broedparen in 1993, maar begon daarna weer geleidelijk te stijgen door nieuwe vestigingen onder andere op de Waddeneilanden. Rond 2007 broedden er 23.325 paar in Nederland. In Denemarken vertoonden de aalscholvers een vergelijkbaar verloop. Daar blijft het broedvogelbestand sinds 1993 min of meer constant.
Onder andere in 2008 vroegen beroepsvissers om maatregelen om de aantallen te beperken door bijvoorbeeld afschot en andere ingrepen (verstoring en vernietiging nesten, eieren en jongen). Aalscholvers op en rond het IJsselmeer zouden per jaar zo'n 60-120 ton snoekbaars consumeren. De Broedpopulatie in 2015 bedroeg 18.650 tot 19.250 paren. Geschat maximum winter/doortrek 47000 tot 52000, sep-okt (2009-2014).